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1)RNA pulldown实验项目 原理:将生物素标记的探针与目的RNA进行杂交,将探针与蛋白进行孵育,随后通过链霉亲素和磁珠捕获探针-蛋白复合物,将所捕获的复合体中的RNA、蛋白质或者DNA 纯化,最后通过qPCR、测序或质谱等检测方式进行鉴定。
应用: 1.研究RNA-miRNA互作:可用于ceRNA的调控机制,研究mRNA、lncRNA、circRNA与miRNA的结合情况;
2.研究RNA-蛋白互作:用于寻找目RNA基因上结合的蛋白质,挖掘ncRNA-蛋白的作用和调控的信号通路、基因表达等机制。 3.研究RNA-DNA互作:用于检测目的RNA在细胞核中和染色体DNA的互作,如lncRNA、circRNA结合TF影响基因的转录。 客户提供: ① 正常生理活性状态的细胞,3个T75的细胞量; ② 基因信息及实验材料种属。 公司提供: 实验报告(材料、试剂、仪器、方法、数据分析、实验结果)。 2)RIP实验项目 原理:RNA免疫共沉淀(RIP)可以用来研究特定的RNA分子与蛋白之间的互作关系,通过蛋白的特异性抗体将蛋白及其结合的RNA捕获,随后通过qPCR、高通量测序等技术手段对RNA产物进行鉴定。
应用: lncRNA/circRNA及其结合蛋白参与调控细胞中多个生物学过程,涵盖基因的转录以及转录后调控,转录后修饰过程包括剪接(splicing)、出核转运(nuclear export)、mRNA 稳定性以及蛋白翻译,而RIP技术联合RNA pulldown实验已经成为研究lncRNA/circRNA与RBP互作的金标准,为探究蛋白与RNA之间的互作和调控机制提供帮助。 客户提供: ① 正常生理活性状态的细胞,6个T75的细胞量; ② 基因信息及实验材料种属; ③ 饵蛋白的IP级别一抗。 公司提供: 实验报告(材料、试剂、仪器、方法、数据分析、实验结果)。 3)ChIP实验 原理:染色质免疫沉淀技术(ChIP)是研究细胞或组织中蛋白与DNA互作的方法,常用于寻找转录因子在基因启动子区上的结合位点或组蛋白特异性修饰位点,其实验原理是在活细胞状态下固定蛋白与DNA,通过超声破碎或酶切的方法将DNA处理到一定长度范围(300bp左右),然后通过免疫沉淀的方式得到与目的蛋白特异性结合的DNA,随后通过qPCR实验或者高通量测序得到蛋白与DNA互作的信息。
客户提供: ① 正常生理活性状态的细胞:2个T75培养瓶; ② 转录因子及靶基因的基因信息及实验材料种属; ③ 转录因子的IP级别一抗。 公司提供: 实验报告(材料、试剂、仪器、方法、数据分析、实验结果)